中心机关现设综合办公室、党群工作处、计划财务处、人事教育处、科研营林管理处、资源管护处等六个职能管理处室，以及经济林研究室、林下经济研究室、用材林研究室、林木种苗研究室、森林生态环境与保护、江西省林木良种创制工程中心等六个专业研究室。
中心下辖山下、上村、年珠、长埠四个实验林场，一个树木园。
