中心机关现设行政办公室、党委办公室、纪检监察室、人事教育处、计划财务处、科研营林管理处、资源管护处、项目建设办、后勤保卫处、退休人员管理办公室十个职能部门，以及经济林研究室、用材林研究室、林下经济研究室、林木种苗研究室、森林生态环境与保护研究室五个专业研究室。

中心下辖山下、上村、年珠、长埠四个实验林场，一个树木园。